KEGG代谢物数据库update

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起因

一直使用MetaboAnalyst网站做代谢通路富集分析，缺点：
第一，网站limit
第二，附属R包不能直接使用
第三，数据不完整，在网站的Q&A里解释是选用的都是经过验证的代谢物，所以一条通路中的 所含代谢物比kegg官网上要少，导致有时候无法富集出显著的代谢通路，并且，从没见过FDR显著的代谢通路，只能看Raw pvalue

R中使用KEGGREST包下载最新KEGG物种代谢通路数据

library(KEGGREST)
#keggList("hsa")
hsa_p <- keggLink('pathway','hsa')
hsa.pathway <- unique(hsa_p)
hsa.pathway.database <- vector(mode = 'list', length = length(hsa.pathway))
for(i in 1:length(hsa.pathway)){  
  cat(i, ' ')  
  hsa.pathway.database[[i]] <- keggGet(dbentries = hsa.pathway[i])
}

思考

选取了76条人类常见通路，进行的enrichment analysis可以得到很多的差异代谢通路，fdr也非常显著，选择最严格的bonferroni矫正算法。 富集到通路中的代谢物也更多。