1.下载MCODE
可以在cytoscape或者网上直接搜索安装文件进行安装。metscape
2.使用方法
打开cytoscape-任务栏app-metscape-build network-选择pathway based或者correlation based-左下方控制面板select-上传基因和代谢物的数据，数据格式如下：
| id | pvalue | fc |
|---|---|---|
| gene1 | 0.02 | 3 |
| gene2 | 0.01 | 1 |
| gene3 | 0.06 | 2 |
选择网络组成
选择目标通路
build network
3.调整网络
根据需要调整overlap，然后导出pdf
4.legend
legend需要单独显示，保存为一个pdf，跟主图何必