配置centOS的心路历程

1.挂载windows盘

由于安装的是双系统，所以需要在centOS中访问windows数据。谷歌了半天也挂不上，最后终于找到一篇文章解决了.

# 手动挂载
mount -t ntfs-3g /dev/md126p1 /mnt/windows
#开机自动挂载
#首先需要找到要挂载的硬盘的UUID,系统会列出所有的分区信息
sudo blkid
#找到要挂载的硬盘后，在终端中使用以下命令打开fstab文件：
sudo vi /etc/fstab
#在fstab文件中添加以下行：
UUID=<硬盘的UUID> <挂载点> <文件系统类型> defaults 0 0
#例如；32F0EF05B2 /mnt/windows ntfs-3g defaults 0 0
#：wq保存文件

2.配置生物信息分析环境

安装igraph

各种编译错误，查到一个帖子说centOS不支持igraph了，差点就重装ubuntu了。。。最后发现只需要升级一下gcc就可以安装上了，参考链接

#安装centos-release-scl
sudo yum install centos-release-scl
#安装devtoolset，注意，如果想安装7.*版本的，就改成devtoolset-7-gcc*，以此类推
sudo yum install devtoolset-8-gcc*
#激活对应的devtoolset，所以你可以一次安装多个版本的devtoolset，需要的时候用下面这条命令切换到对应的版本
scl enable devtoolset-8 bash
gcc -v
#这条激活命令只对本次会话有效，重启会话后还是会变回原来的4.8.5版本
#直接替换旧的gcc
#旧的gcc是运行的 /usr/bin/gcc，所以将该目录下的gcc/g++替换为刚安装的新版本gcc软连接，免得每次enable

mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-4.8.5

ln -s /opt/rh/devtoolset-8/root/bin/gcc /usr/bin/gcc

mv /usr/bin/g++ /usr/bin/g++-4.8.5

ln -s /opt/rh/devtoolset-8/root/bin/g++ /usr/bin/g++

gcc --version

g++ --version

安装seurat，参考

安装失败因为gcc没有配置好

remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", repos = c("https://satijalab.r-universe.dev", getOption("repos")))
#编译时遇到错误C++17 standard requested but CXX17 is not defined，原因是gcc 版本仍然使用的是低版本
# GCC升级到 8以上版本（修改 8 更换其他版本）
sudo yum install centos-release-scl
sudo yum install devtoolset-8-gcc*
scl enable devtoolset-8 bash
source /opt/rh/devtoolset-8/enable
#替换软连接（不执行的话，尽管查看版本升级了，但仍然报错不支持c++17）
mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-4.8.5
ln -s /opt/rh/devtoolset-8/root/bin/gcc /usr/bin/gcc
mv /usr/bin/g++ /usr/bin/g++-4.8.5
ln -s /opt/rh/devtoolset-8/root/bin/g++ /usr/bin/g++
mv /usr/bin/c++ /usr/bin/c++-4.8.5
ln -s /opt/rh/devtoolset-8/root/bin/c++ /usr/bin/c++
#查看版本（8.3.1）
gcc --version

安装ggpubr

编译失败，因为没有安装cmake，参考

1.卸载之前的cmake

yum erase cmake

2.安装gcc等必备程序包（已安装则略过此步）

yum install -y gcc gcc-c++ make automake 

3.安装wget （已安装则略过此步）

yum install -y wget

4.获取CMake源码包

wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.15.5/cmake-3.15.5.tar.gz

5.解压CMake源码包

tar -zxvf cmake-3.15.5.tar.gz

6.进入目录

cd cmake-3.15.5

7.编译安装
./bootstrap && make -j4 && sudo make install

8.建立软连接

ln -s /usr/local/bin/cmake /usr/bin/

9.测试
cmake --version

安装ncdf4

1:nc config错误因为无法安装dev，需要升级源
2:安装devel
yum install libnetcdf-dev netcdf-bin
3:update netcdf
4:下载源码安装
wget https://github.com/Unidata/netcdf-c/archive/v4.8.1.tar.gz
tar -xzvf v4.8.1.tar.gz
cd netcdf-c-4.8.1
./configure
make
sudo make install