ubuntu安装及配置

2017年突然有一次win10自己删除文件，删了我好多文件，吓得不轻，赶紧找了Diskgenius恢复了一下，还好都找回来了，吓得不轻。于是开始琢磨Linux，选择了ubuntu练手，轮番折腾之后发现AMD显卡对ubuntu很不友好，因为驱动不支持，后来从别的电脑上下了一个Nvidia显卡，把ubuntu作为物理机主力系统，win10虚拟机作为补充，为了那些只有Windows版本的软件。

装系统很简单，在windows系统下下载UItralSO软件制作启动优盘，制作完成后即可优盘安装ubuntu。安装过程比安装Windows简单很多，唯一注意的是硬盘分区,最开始我嫌麻烦没有分区，直接一整块大硬盘，后来系统死机了，必须重装系统，但又不能只格式化一个分区从而不影响文件，从而引发了只能从PE进去把所有数据拷贝出来再全盘格式化装系统的惨剧，哎，思虑不足啊。装虚拟机常用virtualbox和VMWARE两款软件。

安装成功后最好马上修改软件源，换成国内源，便于更新和安装软件。系统美化,可以安装tweaktools，还有很多好看的主题和icons。

设置root密码。

  sudo passwd root

安装gdebi用于安装各种软件，

  sudo apt-get install gdebi

安装搜狗输入法

然后配置：设置-文本输入-勾掉显示当前输入法-添加-sogou，

安装Java

  java -version 
  sudo apt install default-jre
  sudo apt install default-jdk

安装cytoscape

有时候点击下载cytoscape无法下载文件，而是打开源码网页，此时可以在终端输入

  wget http://chianti.ucsd.edu/cytoscape-3.6.1/Cytoscape_3_6_1_unix.sh
  sudo gdebi cytoscape

安装R和RStudio

可用代码安装R

  #添加keys
  sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
  #添加对应版本r库，18.04对应bionic
  sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
  #更新源
  sudo apt update
  #安装R
  sudo apt install r-base

Rstudio需要官网下载安装包或者wget安装。处理一些数据需要配置hdf5和netcdf4，netcdf4可以代码安装，hdf5需要下载下来编译安装。开发R包需要配置git以便于版本控制,RStudio中配置git。以下是Ubuntu中安装某些R包的方法，有些包在终端安装比较方便。设置R镜像.配置xcms包之前需要设置好Bioconductor和CRAN 的镜像，用chooseCRANmirror()和chooseBioCmirror()函数。

Ubuntu安装rgl，

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-cran-rgl

Ubuntu安装devtools

sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

sudo -i R

install.packages('devtools')

如果出现bioconductor连接不上以及R包装不上的情况，可能是没有启用管理员权限。

Push the project to the github，

ssh-keygen -t rsa -C xxxxx@gmail.com（注册github时的email）

一路回车，生成ket plot

找到生成的id_rsa.pub文件，将其中内容拷贝到你的github中，新建SSH KEY，

测试是否链接到

github，ssh -T git@github.com

提交代码到github

git init #初始化本地仓库

git commit -m "注释"#提交到要地仓库，并写一些注释

git remote add origin git@github.com:youname/Test.git #连接远程仓库并建了一个名叫：origin的别名

git push -u origin master #将本地仓库的东西提交到地址是origin的地址，master分支下